대원제약, 서울국세청 조사4국 특별세무조사 배경...리베이트·비자금 조성 의혹?

홍세기 기자 / 기사승인 : 2025-05-13 16:01:31
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본사, 대원바이오텍, 나음헬스케어에에 인력 동시 투입
회사 "정기 세무조사", 불확실성 당분간 지속될 듯

[하비엔뉴스 = 홍세기 기자] 대원제약이 지난 3월부터 국세청 조사4국으로부터 특별세무조사를 받고 있는 것으로 파악됐다. 

 

13일 제약업계에 따르면, 국세청은 대원제약에 특별세무조사를 착수하고, 서울지방국세청 조사4국 인원을 지난 3월 서울 금천구 대원바이오텍과 나음헬스케어에에 동시 투입했다.

 

 

  대원제약 본사 전경. [ 사진=대원제약]

 

 

통상 국세청 조사4국은 기업의 저승사자로 불릴 만큼 탈세, 횡령, 배임 등 중대한 혐의가 포착된 기업을 대상으로 비정기(특별) 세무조사를 실시하는 부서다. 이번 조사가 정기적으로 실시되는 세무신고 내역 확인 차원의 정기조사와는 성격이 다른 것으로 업계에서 바라보는 이유다.


업계와 언론에 따르면 이번 특별세무조사의 배경에는 두 가지 핵심 의혹이 있다.

먼저 의료인 대상 리베이트 제공 혐의다. 대원제약이 영업대행사(CSO)를 활용해 허위 용역비 지급, 상품권·카드깡을 통한 현금 지급 등 다양한 방식으로 의료인에게 리베이트를 제공했다는 의혹이 제기돼 왔다.

 

실제로 지난 2022년에는 내부 직원이 성과급과 출장비를 지급한 뒤 이를 회수해 비자금을 조성하고, 이 자금이 불법 리베이트에 쓰였다는 주장이 익명 직장인 온라인 커뮤니티에 올라오기도 했었다.

또 계열사와의 내부거래 및 비자금 조성 의혹도 받고 있다. 대원제약의 자회사인 대원바이오텍은 매출의 절반 이상을 대원제약과의 내부거래에서 올리고 있다. 이 과정에서 일감 몰아주기, 비자금 조성, 오너 일가의 사익 추구 의혹이 함께 불거졌다.

 

대원제약은 자회사 대원바이오텍, 나음헬스케어 등과의 자금 흐름도 조사 대상에 포함된 것으로 알려졌다.

이 같은 의혹들은 최근 국세청이 제약업계를 대상으로 대대적으로 실시한 리베이트 탈세 세무조사의 연장선상에서 나온 것으로 풀이된다. 

 

지난해 9월 국세청은 의료인에게 리베이트를 지급한 혐의가 있는 제약사·의료기기업체 등 16곳을 상대로 세무조사를 벌였으며, 대원제약도 그 대상에 포함됐다는 분석이 나온다.

이에 대원제약 측은 이번 세무조사가 정기조사라고 주장하며, 시장에서 제기된 의혹을 부인한다. 

 

그러나 세무당국에서 조사4국을 투입한 점, 사전 예고 없이 본사와 계열사에 대규모 인원이 동시 투입된 점 등을 볼 때 업계와 전문가들은 비정기 특별세무조사로 보는 시각이 우세하다.

국세청은 개별 세무조사 사안에 대해 구체적인 정보를 공개하지 않고 있어, 공식 조사 결과가 나오기 전까지 대원제약을 둘러싼 불확실성은 당분간 지속될 전망이다.


특히, 이미 지난해 식약처 과징금 처분, 최근 실적 부진 등으로 대원제약의 기업 이미지와 실적에 악영향이 나타나고 있어 이번 세무조사 결과에 따라 추가적인 법적·재정적 리스크가 불거질 가능성도 있다.

아울러 자회사와의 내부거래, 오너 일가의 사익 추구 의혹이 사실로 드러날 경우, 경영권 승계 과정이나 지배구조 투명성 문제로까지 이슈가 확산될 수 있다.

일각에선 이번 조사가 대원제약 뿐 아니라 제약업계 전반의 리베이트 관행, 내부거래를 통한 비자금 조성 등 불공정 관행에 대한 경고 신호라는 주장도 나오는 상황이다. 

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